연말정산, 회사 담당자가 챙길 일

더타임즈 CFO · 감수 김재일(미국 공인회계사) · 2026년 10월 1일
핵심 요약

연말정산은 회사가 매월 원천징수한 근로소득세를 1년치로 다시 계산해 확정하는 절차로, 보통 다음 해 2월분 급여를 지급할 때 정산하고 3월 10일까지 근로소득 지급명세서를 제출합니다. 담당자는 1월에 안내와 자료 수집, 2월에 공제 검토와 정산, 3월에 신고·제출을 진행합니다. 중도 퇴사자는 퇴사하는 달 급여에서 바로 연말정산을 해야 합니다.

연말정산은 직원 개인의 일 같지만 실제 의무는 회사(원천징수의무자)에 있습니다. 회사는 매달 간이세액표로 뗀 근로소득세를 1년치 실제 소득과 공제에 맞춰 다시 계산하고, 차액을 2월 급여에서 환급하거나 추가 징수합니다. 일정과 순서를 정해 두면 담당자 한 명으로도 무리 없이 처리할 수 있습니다.

연말정산 일정은 어떻게 되나요?

시기담당자가 할 일
12월직원 명단, 연간 급여 내역 점검, 연말정산 안내 준비
1월 중순 이후국세청 간소화 자료 개통 후 직원에게 자료 제출 안내
1월 말~2월 초공제신고서와 증빙 수집, 누락 항목 확인
2월세액 계산, 2월 급여에서 환급·추가 징수 반영
3월 10일까지원천징수이행상황신고, 근로소득 지급명세서 제출

기한이 휴일이면 다음 영업일로 미뤄집니다. 세부 일정은 매년 국세청 안내를 확인하세요.

담당자가 꼭 확인할 항목

비과세 항목과 복리후생 처리 기준은 복리후생비로 처리할 수 있는 것과 없는 것을 참고하세요.

중도 퇴사자는 어떻게 하나요?

연도 중에 퇴사한 직원은 퇴사하는 달의 급여를 지급할 때 연말정산을 합니다. 이때는 기본공제 위주로 정산되므로, 직원이 다른 회사로 옮기면 새 회사에서 합산해 정산하고, 재취업하지 않았다면 다음 해 5월 종합소득세 신고로 추가 공제를 받을 수 있다고 안내하면 좋습니다. 퇴사자에게 근로소득 원천징수영수증을 발급하는 것도 잊지 마세요.

정산 후 자주 생기는 문제

  1. 과다 공제 후 추징: 잘못된 공제로 환급받은 경우 나중에 가산세와 함께 추징될 수 있습니다. 직원에게 공제 요건을 미리 안내하세요.
  2. 지급명세서 오류: 주민등록번호나 금액 오류가 있으면 수정 제출이 필요합니다.
  3. 환급금 자금 부족: 직원 수가 많으면 2월 환급액이 커질 수 있으니 자금 계획에 미리 반영합니다.

원천징수·4대보험과 함께 관리하세요

연말정산은 1년간 원천징수가 정확했는지 확인하는 기회이기도 합니다. 매월 원천징수 신고와 4대보험 신고가 급여대장과 일치하는지 함께 점검하면 다음 해 업무가 훨씬 수월해집니다. 매월 업무는 원천징수 실무, 보험료 관리는 4대보험 기본과 회사 부담분 관리를 참고하세요.

직원 안내문에 넣으면 좋은 내용

연말정산을 원활하게 하려면 1월 초에 직원 안내문을 미리 배포하는 것이 좋습니다. 자료 제출 마감일, 간소화 자료 내려받는 방법, 부양가족 공제 요건, 맞벌이 부부의 중복 공제 주의, 간소화 자료에 나오지 않는 항목(일부 의료비, 월세 등)의 별도 증빙 방법을 담으면 질문이 크게 줄어듭니다. 마감일을 넘긴 직원은 기본공제만으로 정산하고 이후 본인이 종합소득세 신고로 추가 공제를 받을 수 있다는 점도 함께 안내하세요.

급여·원천징수·연말정산 업무를 내부에서 어떻게 나눌지 고민된다면 더타임즈 CFO 무료 재무진단에서 함께 점검해 보시기 바랍니다.

자주 묻는 질문

연말정산 환급금은 언제 받나요?

보통 회사가 2월분 급여를 지급할 때 함께 환급합니다. 회사마다 반영 시점이 조금 다를 수 있습니다.

근로소득 지급명세서 제출 기한은 언제인가요?

원칙적으로 다음 해 3월 10일까지 제출합니다. 기한이 휴일이면 다음 영업일까지입니다.

연말정산 때 빠뜨린 공제는 어떻게 하나요?

직원은 5월 종합소득세 신고 기간에 직접 추가 공제를 신고하거나, 이후 경정청구로 환급받을 수 있습니다.

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